Действие Aeon Flux разворачиваются в сюрреалистичной футуристической вселенной, визуально явно вдохновленной работами Эгона Шиле. Сеттинг представляет из себя причудливую антиутопию, где между городами Брегне и Моника идет бесконечная война, ведущаяся бесконечными клонами, мутантами и роботами. Главная героиня — секретный агент из города Моника, стремящаяся убить правителя Брегны, технократа Тревора Гудчайлда. Ситуация осложняется тем, что у героев есть чувства друг к другу.
И вот здесь нужно сделать необходимую ремарку, так как из-за хаотичной модели выхода сериала, он имеет сразу несколько воплощений. Первое — набор немых короткометражек, входивших в состав Liquid TV до 1994 года и не имевших цельной истории, а просто рассказывающих о череде миссий главной героини, впоследствии получившей имя Эон. Второе — вертикальный многосерийный мультсериал 1995 года выхода, обогатившийся полноценным сюжетом и озвучкой. Сеттинг, персонажи и общая канва повествования схожи в обоих версиях, но вторая дает куда больше информации
о мире, персонажах и глубже раскрывает общую идею проекта.
Ранние короткометражки словно замыкают Эон в череду неудач и показывают
зрителю исключительно провальные миссии героини. Эти зарисовки скупы на детали
и практически не раскрывают предысторию мира, где разворачиваются события, оставляя зрителя наедине с необычными образами и ситуациями, не давая никаких трактовок всему происходящему. Единственное, что можно однозначно понять из всего происходящего — Эон является клоном и ей достаточно часто не везет.